On aime faire remonter les origines du musée à 1765, lorsque le duc de Villars crée la première Académie de dessin d’Aix et y expose ses collections en modèle. C’est autour de cette école que prendra forme après la Révolution, l’idée d’un musée municipal. Aix ayant été délaissée au profit de Marseille lors de la première grande vague de création de musée, la municipalité ne devra compter que sur elle-même et sur ses citoyens pour trouver les ressources nécessaires à une telle entreprise.

En 1825, la ville achète le Prieuré de Malte pour y installer son école de dessin, avec comme objectif d’y ouvrir son musée. Ceci est d’autant plus nécessaire qu’Aix commence à avoir de belles collections, depuis qu’en 1821 elle a fait l’acquisition d’une grande partie de la collection Fauris de Saint-Vincens qui servira de base au futur musée aixois.

Le musée ouvre en 1838 et s’enrichit tout au long du XIXe siècle grâce aux donations legs et dépôts de l’Etat. De brillants aixois, Forbin, Granet, Bourguignon de Fabregoules useront de leur influence et de leur fortune personnelle pour aider le musée.

Ensuite, le musée poursuit sa croissance en mettant en place une politique d’acquisition tout en bénéficiant de la générosité de donateurs, comme ce fut le cas en 1998, lorsqu’il reçut une part importante de la très belle collection connue sous le nom de Cézanne à Giacometti.

Envisagés depuis plusieurs années, les travaux de rénovation totale du Musée Granet ne se sont réellement engagés qu’en 2000. Ceux-ci s’achèveront à la fin de l’année 2005 et permettront l’ouverture d’un musée totalement repensé, capable d’accueillir de très grandes expositions d’audience internationale comme l’exposition Cézanne en Provence.